Korzenie naszej uczelni są splątane – trudno wskazać określony moment jako początek. W obowiązujących obecnie statutach wspomina się, że Collegium Bobolanum „posiada historyczne powiązania z Akademią Połocką założoną przez zakon Towarzystwa Jezusowego i rząd rosyjski w 1812 roku”. Był to rok, upamiętniony w Panu Tadeuszu w samym tytule przedostatniej księgi, zaczynającej się słynną inwokacją: „O roku ów! kto ciebie widział w naszym kraju!”... Złączenie początku z rokiem 1812 byłoby kuszące, jednak – Połock gościł już wcześniej uczelnię jezuicką. Było to kolegium, utworzone w 1580 roku dzięki bogatej fundacji króla Stefana Batorego. Najpierw istniały tu różne szkoły średnie, następnie pojawiły się także studia przygotowujące młodych jezuitów do kapłaństwa: studia filozoficzne od 1649 roku i studia teologiczne od 1737 roku. Właśnie ten ostatni rok uznać można za początek uczelni teologicznej, która stopniowo – po wielu krokach – doprowadziła do Collegium Bobolanum.

               Na uwagę zasługuje związek uczelni ze św. Andrzejem Bobolą, nie tylko patronem Collegium Bobolanum, ale od 16 maja 2002 roku Patronem Polski. Pierwsze otwarcie się jezuickiego studium na studentów spoza Towarzystwa Jezusowego – przez utworzenie Akademii Połockiej – zostało bezpośrednio poprzedzone przez sprowadzenie z Pińska do Połocka relikwii Andrzeja Boboli w 1808 roku. W tym sensie można powiedzieć, że Bobola patronował z bliska powstaniu Akademii, która potem ewoluowała, zmieniała postać i miejsce, by w końcu wyraźnie się związać z jego patronatem.

               Oto w telegraficznym skrócie dalsze dzieje jezuickiej uczelni na tle rozwoju kultu Świętego. Relikwie Męczennika pozostały w Połocku (do 1922 roku), zaś jezuici z Akademii musieli opuścić miasto w roku 1820: po wypędzeniu z Rosji przybyli do Galicji (pod zaborem austriackim), gdzie w końcu studium teologiczne znalazło siedzibę w Krakowie. Po I wojnie światowej, w odrodzonej Polsce, studium powróciło – po kilku latach gościny w innych miejscach – do Krakowa. Tutaj doczekało się wreszcie ponownego uznania ze strony władzy państwowej, już nie zaborczej, jak w Połocku, ale polskiej – dnia 27 lutego 1922 roku. Tego samego roku relikwie Andrzeja Boboli, uznanego od 1853 roku za błogosławionego, zostały wywiezione przez bolszewików z Połocka, skąd przez Moskwę – po niełatwych staraniach Stolicy Apostolskiej – trafiły do Rzymu, gdzie zaczęto przygotowania do kanonizacji. Jednocześnie był realizowany plan przeniesienia studium teologicznego do Lublina, do nowego kolegium pod nazwą Bobolanum. Przeniesienie dokonało się w 1926 roku. Patronat Andrzeja Boboli miał się rozciągać nie tylko na teologiczne studium przeniesione z Krakowa, lecz i na całe lubelskie kolegium, przy którym miał ponadto powstać kościół, i mauzoleum dla relikwii Boboli po ich planowanym powrocie do Polski – po kanonizacji. Stało się jednak inaczej. Wprawdzie właśnie w Lublinie dotychczasowe studium teologiczne zostało przekształcone na Wydział Teologiczny, zatwierdzony w 1932 roku; jednak po kanonizacji w 1938 roku relikwie Świętego trafiły z woli Piusa XI do Stolicy, by w końcu – po kolejnej utracie niepodległości i częściowym jej odzyskaniu – przyciągnąć do Warszawy także Wydział.

               Przeniesienie Wydziału Teologicznego Bobolanum do budynku przy ul. Rakowieckiej 61 w Warszawie nastąpiło w sierpniu 1952 roku. Zatem w uroczystym roku 2002, który przyniósł ogłoszenie św. Andrzeja Boboli Patronem Polski, świętowaliśmy jednocześnie 50. rocznicę pobytu Bobolanum u boku relikwii Świętego.

               Gdy Bobolanum znalazło się w Stolicy, pierwszym owocem było nieoczekiwanie – powstanie parafii pod wezwaniem św. Andrzeja Boboli. Została ona powołana do życia 1 stycznia 1953 roku z inicjatywy Prymasa Tysiąclecia, przekonanego, że zakorzenienie jezuitów na miejscu dzięki parafii pomoże także Wydziałowi przetrwać niepewne czasy komunistyczne. Złączenie z parafią na Rakowieckiej nie tylko pozwoliło przetrwać, ale przyniosło Wydziałowi rozbudowę zajmowanego tu budynku. Dzięki nowemu skrzydłu dobudowanemu pod koniec 50. lat poprawiły się warunki mieszkaniowe w domu, który początkowo nie był przygotowany na przyjęcie znacznej liczby profesorów i studentów Bobolanum; można było także sprowadzić wreszcie w 60. latach do Warszawy księgozbiór lubelski, wcześniej zdeponowany w Bibliotece KUL. Kolejne lata poświadczały nie tylko rozwój, lecz i zastój... Komunistyczne władze blokowały zarówno kult Andrzeja Boboli, jak i działanie poświęconego jemu Bobolanum. Ale przyszła wreszcie zapowiedź odmiany. W roku 1988, kiedy świętowaliśmy 50. rocznicę kanonizacji Boboli, zbiegły się dwa wydarzenia: rozpoczęło działalność Sanktuarium pod jego wezwaniem, a Bobolanum stało się częścią Papieskiego Wydziału Teologicznego. Po roku nastała nowa faza w dziejach odrodzonej Polski – zaczęła się III Rzeczpospolita, której obecnie błogosławi nowy Patron, od lat patronujący naszej uczelni. Kolejną ważną datą w historii Collegium Bobolanum jest utworzenie w 2009 roku nowego kierunku studiów – politologii.

               To, że przed 50 laty Bobolanum przyciągnęło do siebie parafię, stanowi także na przyszłość istotną wskazówkę: teologiczna praca w uczelni ma wydać owoce duszpasterskie. Może nie przypadkiem najważniejszy wkład Bobolanum do życia Kościoła w Polsce w ostatnich 50 latach wyraził się w dziele służącym katechezie. Ważne – mamy nadzieję – pozostają w tej dziedzinie nasze publikacje, czy to w akademickim piśmie „Studia Bobolanum”, czy w ramach Serii Bobolanum, czy też książki wydawane w innych wydawnictwach.

               Wsparcie, którego św. Andrzej udziela swoim współbraciom, aby przez nich trafiać do wielu innych, nie ogranicza się do polskich jezuitów. Uderza w dziejach jego kultu to, że pamięć o Męczenniku była niekiedy żywsza niż u Polaków – u współbraci w innych krajach, innych języków.

               Znacząca część wykładowców w Collegium Bobolanum to jezuici, ale nie tylko. Naszymi wykładowcami są także księża diecezjalni, osoby zakonne oraz duża ilość osób świeckich. Co do wykładowców-jezuitów wielu z nich swe studia odbyło na zachodnich uczelniach Towarzystwa Jezusowego. Niektórzy z obecnych pracowników Collegium Bobolanum już obecnie mogą się odwdzięczyć za uzyskaną pomoc. Prowadzą zajęcia na Wydziałach, gdzie kończyli swe dysertacje doktorskie, czy to w Paryżu (Centre Sèvres), czy w Rzymie (Uniwersytet Gregoriański). Od wielu lat silne więzy łączą Collegium Bobolanum z Katolickim Uniwersytetem Ukraińskim we Lwowie oraz z jezuickim Aloisianum w Bratysławie, które przekształciło się – dzięki wydatnej pomocy polskich jezuitów – w Wydział Teologiczny Uniwersytetu w Trnawie.

            Międzynarodowego charakteru Collegium Bobolanum przydają także dwie związane z nim instytucje: 1) Papieski Instytut Studiów Kościelnych (PISK), założony w Rzymie z inicjatywy Prymasa Tysiąclecia, mający obecnie swoją polską siedzibę przy Bobolanum; jego celem jest gromadzenie mikrofilmów itp. dokumentów, znajdujących się w Archivum Secretum Vaticanum oraz innych archiwach kościelnych. 2) Instytut Naukowy „Europejskie Centrum Komunikowania i Kultury” (European Centre of Culture and Communication) z siedzibą w Warszawie - Falenicy. Instytut służy formacji dziennikarzy z krajów Europy Wschodniej i Środkowej, promuje refleksję nad wartościami chrześcijańskimi, rozwija postawę odpowiedzialności za kształt współczesnego świata