Trudno jest wskazać określony moment powstania naszej uczelni, ale korzene sięgają odległych czasów. Na początku 1580 roku jezuici założyli w Połocku dzięki bogatej fundacji króla Stefana Batorego dwie klasy i mieli 5 uczniów. Nauczycielami byli o. Piotr Skarga SJ (założyciel i pierwszy rektor kolegium), o. Stanisław Łęczycki SJ i o. Jan Aland SJ. 

Ludność Połocka i okolic w przeważającej większości wyznawała prawosławie, więc jezuickie kolegium stało się najważniejszym w regionie ośrodkiem misji katolickiej. 

Studia teologiczne rozpoczęły się w Połocku od 1737 roku. Właśnie ten rok uznać można za początek uczelni teologicznej, która stopniowo – po wielu krokach – doprowadziła do Collegium Bobolanum. W 1773 roku nastąpiła kasata zakonu jezuitów na zachodzie, ale w zaborze rosyjskim i w Rosji dekret nie został ogłoszony i jezuici kontynuowali swoją działalność.

12 stycznia 1812 r. zostaje wydany ukaz carski Aleksandra I wynoszący połockie Kolegium Jezuitów "na stopień Akademii z nadaniem jej przywilejów, którymi zaszczyciliśmy uniwersytety". W obowiązujących obecnie Statutach wspomina się, że Collegium Bobolanum „posiada historyczne powiązania z Akademią Połocką założoną przez zakon Towarzystwa Jezusowego i rząd rosyjski w 1812 roku”. Był to rok upamiętniony w Panu Tadeuszu w samym tytule przedostatniej księgi, zaczynającej się słynną inwokacją: „O roku ów! kto ciebie widział w naszym kraju!”

W 1820 r. zamknięto Akademię Połocką w następstwie kasaty Towarzystwa Jezusowego w Rosji i wypędzenia jezuitów z zaboru rosyjskiego. Studium teologiczne – po kilku latach gościny w różnych miejscach – przybyło do Krakowa w odrodzonej po I wojnie światowej Polsce. Zaczęto przygotowania do kanonizacji św. Andrzeja i jednocześnie był realizowany plan przeniesienia studium teologicznego z Krakowa do Lublina, do nowego kolegium pod nazwą Bobolanum. Przeniesienie dokonało się w 1926 roku

Patronat Andrzeja Boboli miał się rozciągać nie tylko na teologiczne studium przeniesione z Krakowa, lecz i na całe lubelskie kolegium, przy którym miał ponadto powstać kościół, i mauzoleum dla relikwii Boboli po ich planowanym powrocie do Polski – po kanonizacji. Stało się jednak inaczej. 17 kwietnia 1938 roku papież Pius XI kanonizował Andrzeja Bobolę i po kanonizacji relikwie dotarły do Polski. 8-17 czerwca trumnę z relikwiami sprowadzono z Rzymu do Polski i 20 czerwca relikwie spoczęły w kaplicy Jezuitów przy ul. Rakowieckiej w Warszawie. Na czas II wojny światowej relikwie opuściły Kolegium. Po wybuchu wojny 27 września 1939 trumnę z relikwiami przewieziono na Stare Miasto do jezuickiego kościoła Matki Bożej Łaskawej. 14 sierpnia 1944 r. podczas Powstania Warszawskiego relikwie przeniesiono do dominikańskiego kościoła Św. Jacka przy ul. Freta. 7 lutego 1945 trumna z relikwiami wróciła do kaplicy jezuitów przy ul. Rakowieckiej, by w końcu – po kolejnej utracie niepodległości i częściowym jej odzyskaniu – przyciągnąć do Warszawy także Wydział. Przeniesienie Wydziału Teologicznego Bobolanum z Lublina do Warszawy do budynku przy ul. Rakowieckiej 61 nastąpiło w sierpniu 1952 roku

Gdy Bobolanum znalazło się w stolicy, pierwszym owocem było nieoczekiwanie powstanie parafii pod wezwaniem św. Andrzeja Boboli. Została ona powołana do życia 1 stycznia 1953 roku z inicjatywy Prymasa Tysiąclecia, przekonanego, że zakorzenienie jezuitów na miejscu dzięki parafii pomoże także Wydziałowi przetrwać niepewne czasy komunistyczne. Złączenie z parafią na Rakowieckiej nie tylko pozwoliło przetrwać, ale przyniosło Wydziałowi rozbudowę zajmowanego tu budynku. Dzięki nowemu skrzydłu dobudowanemu pod koniec 50. lat poprawiły się warunki mieszkaniowe w domu, który początkowo nie był przygotowany na przyjęcie znacznej liczby profesorów i studentów Bobolanum. Można było także sprowadzić wreszcie w 60. latach do Warszawy księgozbiór lubelski, wcześniej zdeponowany w Bibliotece KUL. 2 lutego 1973 r. Kongregacja Wychowania Katolickiego zatwierdziła na czas próby Statuty Wydziału. Zostały one opracowane według założeń Soboru Watykańskiego II i Normae quaedam z 1968 r.. Wydział uzyskał prawo nadawania stopni doktora habilitowanego. Kolejne lata poświadczały rozwój, ale napotkał on na opór. Komunistyczne władze blokowały zarówno kult św. Andrzeja Boboli, jak i działanie poświęconego jemu Bobolanum. 26 września 1984 r. Statuty Wydziału "Bobolanum" zostały uznane za zgodne z Konstytucją Apostolską "Sapientia Christiana" z 1979 r. i ostatecznie zatwierdzone wraz ze wszystkimi poprzednimi prawami, jako Statuty otwartego Wydziału.

W roku 1988 zbiegły się trzy wydarzenia. 17 kwietnia świętowano pięćdziesiątą rocznicę kanonizacji św. Andrzeja. 3 maja 1988 r. Bobolanum stało się częścią erygowanego Papieskiego Wydziału Teologicznego w Warszawie (PWTW) dekretem Kongregacji Wychowania Katolickiego Stolicę Apostolską. 19 czerwca 1988 r. obchodzono pięćdziesięciolecie obecności relikwii w kolegiuim jezuitów w Warszawie przy ul. Rakowieckiej. PWTW Collegium Bobolanum uzyskało zatwierdzenie osobowości prawnej 17 maja 1989 r.